上(shàng )一部结尾，尼奥（基奴李(🔼)维斯 饰）终(🕸)于意识(🕰)到自(zì )己的能力和使命，中弹复活后，变成了(le )无所不能的“救(🎲)世主”，他(♑)和(📼)女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲(🥄)斯（劳伦斯(sī )·菲什伯恩 饰）回到了人类的(🖍)基地锡安，受(shòu )到人们的热(rè )烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万(wàn )五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨(mò )菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体(tǐ )(🤳)”，寻找(🐀)“制钥者”，准(🌮)备从内部破坏(huài )；而本该被尼奥消灭的特勤史密(mì )斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控(kòng )制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。